Podczas rozgrywki od 2 do 6 osób będzie rywalizować ze sobą, ekspresowo rozwiązując zadania z 8 kategorii. Za prawidłowe odpowiedzi otrzymają części układanki, a pierwsza osoba, która zdobędzie wszystkie 4 części i ukończy swój obrazek mózgu, zostanie zwycięzcą! Cortex 3 to 8 zupełnie nowych rodzajów wyzwań, które możemy dołączyć do tych znanych z wcześniejszych odsłon serii. Dodatkowo w tej wersji specjalne wyzwanie stanowią karty nasączone rozmaitymi zapachami, do rozpoznawania z zamkniętymi oczami.